八十七年前的冬日凌晨，夜色与雾气氤氲着的六朝古都在枪鸣炮响声中惊慌失措地醒来，战机轰炸像天空中遍布着无数的手随意摆布着南京城里每一个人的命运。即便未逢乱世，对这里也总有说不完的话，因为金陵向来是淹然百媚的，从不缺乏故事。
在硝烟弥漫里，十几个匆匆忙忙的身影正从四面八方惶恐而来，向同一个目的地——威尔斯教堂赶去。
苦难的边缘，是传奇的开始。教堂里的神父去见了上帝，约翰这个美国人来了；租界的大门早早关闭，书娟和十三个女同学来了；日本人的炮弹在倚红楼附近接二连三地爆炸，于是，很快，玉墨带着她的一群姐妹也来了。在一场枪林弹雨的较量中，故事开始了。
我们常常带着世俗观念抛给我们的枷锁，面对“妓女”这个群体总是报之于太多的白眼冷遇。于是初来的十几位年轻窑姐理所当然地被拒之门外。沉重的铁门合闭地密不透风，向外面的几个女人宣告着：即使你们是一只蚊子也休想飞进来。秘密的声音透过铁门清晰地传了出来，斥骂着她们的不干净，教堂这个神圣的地方岂会接纳你们？这一刻中国人千百年来对妓女的憎恨便不加修饰地从守门人的口里出来了。面对阻拦和辱骂，她们这群女人怎能甘心？她们这一生注定是驾驭和征服男人的生物。她们叫骂，骂出所有她们从客人那里听到的脏话，她们哭喊，以这个从古至今所有女人的杀手锏企图使那座铁门有所动容。只有她一个人静静地站着。望着那扇无比冰冷的门，无疑，这个时候的玉墨是最为冷静的，到底是念过洋书的不幸女子，行事间终归有些不同。在她的姐妹们面对铁门叫嚷抱怨之时，她已经甩下披肩踩着行李箱翻上了墙头，上演了又一出“墙头马上”。其她姐妹纷纷效仿，很快，她们便这样“粗鲁”地到来了，进入了铁门里面的世界。
在《金陵十三钗》中，显然，是无法定义谁是主角的。书娟自始至终带着讲述者的口吻娓娓道来这个很多年前发生在威尔斯教堂的故事，玉墨则是每件事情高潮的导火索，而约翰，与教堂里每一个避难者的命运息息相关。
书娟和她的女同学们，诚然在整部影片中扮演着被保护者的角色。战争毁了她们的幸福和安宁，本该是穿着干净的学生袍呆在圣玛丽女子中学静静聆听老师教诲的少女，因为战争，此刻却不得不强忍着与亲人难以相见的离别之苦，藏身于一个连自己也不清楚能否保全自我的一所外国教堂。尚未历经世事的少女，看着眼前发生的这一切，以为这已经是最坏境遇。也许即便是书娟，也没有想过，她们还有更大的灾难要迎接。
也许我们可以想象，在妓院这样一个寻欢作乐骄奢淫逸的风月场所中会培养出怎样的一群女人，而对待这些想象中女子的眼光，不偏不倚地刚好落在了这群逃难的窑姐身上。可是如果遇上一盆清水，褪去了俗气脂粉的脸，宛若珠玉般光滑，扑闪的眼睛里带着惊慌的神色，分明是少女青涩的面庞，细细究底，毕竟她们中最小的只有十七岁，最大的，也不过二十六岁。若是忽略那眼底的半分沧桑，谁不当她们是圣玛丽女子中学一群最为单纯活泼的女学生？世人常言：婊子无情，戏子无义。一入了这行，似乎此生都是万劫不覆。玉墨身世堪怜，但她是适合金陵的。她的八面玲珑使她面对男人时巧笑倩兮，她又是清高的，接受命运的安排却一直拥有藏在胸腔深处不肯动用半分的真心。这样的女子，终其一生或是跌下高楼粉身碎骨，或是卷进旋涡里无法抽身，她用最后的尊严向自己的身不由己发出战书。
我不明白剧本改编中将约翰这个假神父安排进来的含义，但我却多多少少能够体会到编剧的一番用心。他是个美国人，在血统上他和真的神父一样具有保护这些女性的资格，当日本宪兵出其不意地搜查这所美国教堂时，他动用了自己的国家，“美国”这两个字足以震撼小小的宪兵队，可美国又是遥远的，所以他必须是恭敬妥协的。也许只有他是一位假神父，他和玉墨之间才有发生故事的资格。
自始至终我相信约翰和玉墨之间是有爱情的，即使短暂，回忆仍是长的。哪怕约翰回到美国，终老，临死，他也是忘不了的。如果不是玉墨以一口流利英语让他改变了对自己最初的看法，也许他也会把她当作是众多风尘女子中的一个，可是他有幸听了她的故事，做了她的枕边人。他们最后的谈话也许已不仅仅是交流，而成就了精神上的共鸣。很多时候，我们的爱情只能发生在一瞬间，过了那一分钟，那一秒，留下的，到底归结不到爱中来。
意外时有发生，结局总要出点花样。藏在酒窖的女学生暴露在了日本宪兵的面前，宪兵队长文雅而残忍，强硬地指定她们前往日本军营的庆功会上唱圣诗，无疑，这样的结果可想而知。她们是刚刚从豺狼手中苟活下来的手无缚鸡之力的少女，所有人都无法想象她们将要遭遇的事情，或者说，不敢想象。她们是恐惧的，也是无能为力的。当她们手拉着手站在教堂顶处打算集体自杀的时候，那群她们一直以来排斥并且深恶痛绝的窑姐们断绝了她们的后顾之忧，她们愿意代她们去。她们笑着安慰她们，如同善良的邻家姐姐。
那一夜，似乎没有人睡得着。窑姐们忙碌着把自己最清纯的一面露出来，她们剪发，裹胸，换衣，举止神态间仿佛一下子回到了十三四岁豆蔻乍开的的日子，也许那年，她们也曾偷偷地在望向某个少年时脸上飞起酡红，兴奋代替了悲伤，仿佛她们真的就是最初的样子，从未改变。
翌日清晨，宪兵队的车接走了十四个“女学生”，她们留给彼此的和玉墨留给约翰的，只剩下目光和背影，以及无法抹去的回忆。
没有人知道后来发生了什么，可能她们在长大后便已明了她们的结局，就像书娟在结局说，在那以后，我再也没有见过她们。是没有见过，不代表她们已经不在这个世界。
也许隔了几代的我们只能猜测着：在那样一个漆黑的夜晚，没有月华如练，没有星光如水，只有一丝烛火摇曳中倒映出的叠加的曼妙身影，她们忙碌着，为着漠不相识的女孩子，忙碌间偶尔吐出一两句脏话，嬉笑怒骂，仿佛她们真的只是去唱一次圣诗。我们这些后来人努力想象当初在她们年轻的心里到底有着怎样的天翻地覆，然而，似乎这个答案只能去问威尔斯教堂里那口古老的钟了。